โปรแกรมบัญชี Express สามารถแยกบัญชีภาษีหัก ณ ที่จ่าย 3 และ 53 โดยสามารถกำหนดเลขที่บัญชีในการเลือกหมวดภาษีหัก ณ ที่จ่าย เช่น เลือกหมวดภาษีเป็น 03 (หัก ณ ที่จ่าย ภงด.3) แล้วเลือกเลขที่บัญชีที่ต้องการให้บันทึกเมื่อมีการกรอกรายการภาษีหัก ณ ที่จ่ายในหมวด S03